В Институте функционируют международные учебно-научные центры: Российско-китайский УНЦ, Французский ресурсный центр, Международный научно-образовательный центр интеграции компетенций в сфере логистики и транспорта, Центр европейских компетенций «Тюнинг», Международный молодежный инновационный центр. Высокое качество образования обеспечивается ведущими преподавателями МГУПС (МИИТ), МГУ им. Ломоносова, Дипломатической Академии МИД РФ, РАНХиГС, Высшей школы экономики, а также сотрудниками МИД РФ, международных организаций, зарубежных и российских компаний.

Образовательные программы включают углубленное изучение двух иностранных (английский, немецкий, французский, китайский, арабский и др.) языков по выбору студента, лекционные курсы на английском языке при участии преподавателей зарубежных вузов. 93 % студентов старших курсов направляются на обучение в зарубежные вузы, проходят стажировки и практики в международных организациях и компаниях.

Студенты имеют возможность проходить практику в Транспортном комитете ЕЭК ООН, ЮНЕСКО, Министерстве транспорта РФ, Государственной Думе РФ, Комитете по логистике ТПП РФ, ОАО «РЖД», ОАО «Шереметьево — Карго», швейцарских логистических компаниях «Панальпина» и «Кюне и Нагель», французской компании FM LOGISTIC.